神社本庁は昭和21年2月3日、全国の神社の総意によって設立されました。これより先、昭和20年8月15日、我が国は連合軍のポツダム宣言を受諾して終戦を迎え、進駐してきた連合国軍総司令部は矢継早に日本改造に着手、その一貫として昭和20年12月15日に「神道指令」を発し、神社の国家からの分離を命じました。以上引用元⇒https://www.jinjahoncho.or.jp/
そのため、当時民間の神社関係団体であった皇典講究所大日本神祇会・神宮奉斎会の3団体が相寄り、新たに「神社本庁」を設けました。
昭和27年、サンフランシスコ講和条約発効の後は、「神道指令」によって不当に圧迫された神社信仰の回復に意を注いできました。